在巴比伦围城战中，穆斯林军队面临的主要挑战包括：
军事挑战：穆斯林军队需要对抗巴比伦的坚固防御，这包括城墙和城内的军事设施。围城战通常需要长时间的军事行动和策略，以削弱城防并最终攻占城市。
后勤挑战：长时间的围城战需要大量的物资供应，包括食物、水和武器。穆斯林军队必须确保这些物资能够持续供应，以维持军队的战斗力。
疾病和健康问题：在长时间的围城战中，军队可能会面临疾病和健康问题，特别是在密集的营地环境中，疾病容易传播。
士气和纪律问题：长时间的围攻可能会影响士兵的士气和纪律，特别是在面对持续的抵抗和伤亡时。
政治和外交挑战：穆斯林军队在围攻巴比伦时，可能还需要处理与周边国家和势力的政治和外交关系，以避免外部干预或形成联盟对抗他们。
以上挑战是根据历史背景和围城战的一般特点推断的，具体的挑战和应对措施可能因具体情况而有所不同。参考来源包括维基百科上的美索不达米亚和伊朗历史条目。