路易六世与他的兄弟们在巴伐利亚公爵的继承问题上发生的冲突主要涉及了家族内部的权力分配和领土继承问题。根据搜索结果中的维基百科页面路易六世(巴伐利亚) - 维基百科，自由的百科全书:
路易六世从他同父异母的兄长巴伐利亚公爵路易五世那里接收了勃兰登堡侯国，以换取上巴伐利亚的统治权。这使得路易五世成为上巴伐利亚唯一的统治者。
路易六世并没有获得巴伐利亚公爵的头衔，而是获得了勃兰登堡侯国的统治权，这表明在继承问题上，兄弟之间进行了权力和领土的交换。
路易六世的继承问题还涉及到了家族内部的权力分配，这种分配可能导致了兄弟之间的紧张关系。
综上所述，路易六世与他的兄弟们在巴伐利亚公爵的继承问题上的冲突主要是关于领土和权力的分配。通过交换领土和权力，路易六世获得了勃兰登堡侯国的统治权，而路易五世则成为上巴伐利亚唯一的统治者。这种权力和领土的重新分配可能是为了避免更大规模的冲突，并确保家族内部的稳定。