北魏的元姑娘被称为中国历史上第一位女皇帝，但未被后世普遍承认的原因主要有以下几点：
短暂的“统治”：元姑娘作为皇帝的时间非常短暂，她仅在位一天。搜狐报道，元姑娘登基一天后，胡太后便废除了她而立元钊为帝。这种短暂的“统治”使得她的皇帝身份在历史上的影响力微乎其微。
以男婴身份即位：元姑娘出生时，胡太后谎称她是皇子，以安人心。维基百科提到，元姑娘出生后本应被封为公主，却被胡太后以皇子身份拥立为帝。这种以男婴身份即位的做法，使得她的女皇帝身份在后世受到质疑。
无实际权力：元姑娘在位时还是一个婴儿，没有任何实际的权力和作为。搜狐指出，元姑娘的女皇帝身份普遍不被后世所承认，一来是因为她本是一婴儿，更不要提有什么作为了。
被废黜后的身份揭露：元姑娘即位当天，胡太后面对人心已定，宣布元姑娘的身份，改立他人为帝。搜狐报道，这种被废黜后的身份揭露，使得她的皇帝身份在历史上没有得到正统的认可。
历史记载的缺失：元姑娘在历史上连名字都未留下，这使得她的女皇帝身份在后世的记载中被边缘化。搜狐提到，她的女皇帝身份普遍不被后世所承认，甚至在历史上连名字都未留下。
综上所述，元姑娘虽然被称为中国历史上第一位女皇帝，但由于她的统治时间短暂、以男婴身份即位、无实际权力、被废黜后的身份揭露以及历史记载的缺失等原因，导致她未被后世普遍承认为女皇帝。