三峽歷史文物館的建築設計具有以下獨特之處：
日洋合璧的紅磚建築：三峽歷史文物館的建築風格融合了日本和西洋的元素，這種紅磚建築與臺大醫院、公賣局、監察院屬於同一時期的建築物，具有時代特色新北市觀光旅遊網。
西方古典樣式：作為一幢二層樓的西方古典樣式建築，其入口使用了十三溝面磚與素色磁磚作為立面裝飾，窗楣呈弧形拱圈型式，基座及門窗設有洗石子裝飾維基百科。
綠樹庭園圍繞：建築外觀幾乎維持當時的樣貌，前後有綠樹庭園圍繞，相對於老街的人潮更顯安靜優雅新北市博物館家族。
功能分區：一樓為特展展館，主要以三峽相關人事物為展出主題；二樓是展示三峽歷史的常設展空間歷史看三峽＃三峽歷史文物館。
這些獨特之處使得三峽歷史文物館不僅是展覽歷史文化的場所，本身也是一件展現歷史風貌的建築藝術品。