沈括的《长兴集》在明初覆本时仅存19卷的原因主要是由于历史长河中的文献散佚。根据搜索结果，沈括的《长兴集》原有41卷，但在南宋时期已经散失了部分内容。到了明代，人们根据宋本重刻时，发现已经短缺了卷一至十二、卷三十一、卷三十三至四十一各卷，共仅剩了十九卷。这个散佚过程可能与历史上的战乱、文献保存条件不佳、以及文化政策等多种因素有关。因此，我们今天所能见到的《长兴集》只有19卷，这反映了中国古代文献保存的困难和珍贵性。引用来源：《长兴集》。
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