查士丁尼二世在宗教政策上主要采取了以下措施，这些措施导致了与罗马教会的裂痕：
弹压摩尼教和非迦克墩基督教派：查士丁尼二世沿袭传统，对摩尼教和其余非迦克墩基督教派进行弹压，这引起了教会内部的不满查士丁尼二世- 维基百科。
禁止外教学术的传播：查士丁尼的宗教政策中，他禁止外教学术的传播，这可能进一步加剧了与罗马教会的分歧与东方教会的分裂-天主教图书中心。
对付异端：查士丁尼时期，帝国盛行“一性论”的异端，只承认耶稣基督的天主性，而否认耶稣基督的人性。查士丁尼一世不敢采取高压手段迫害狂热的基督徒，而是被迫作出某些让步6．查士丁尼帝国的危机。
这些措施加剧了东西方教会之间的紧张关系，最终导致了1054年的东西教会大分裂。查士丁尼二世的政策在一定程度上削弱了拜占庭帝国教会，并影响了东西方政教关系破坏圣像运动与八九世纪的东西方政教关系 - 中国社会科学网。