查士丁尼二世在第二次在位时期采取了以下措施来镇压反对派：
实行恐怖政治：根据维基百科的资料，查士丁尼二世复位后为了镇压反对派而在国内实行恐怖政治[1]。
严厉的税收政策：查士丁尼二世试图通过严厉的税收和任命外省人担任行政职务来打破城市贵族的权力[2]。
军事远征：查士丁尼二世又开始对保加尔和哈里发发动远征，尽管这些军事行动都以失败告终[1]。
任命外省人担任行政职务：通过任命外省人担任行政职务，查士丁尼二世试图削弱城市贵族的权力，进一步巩固自己的统治[2]。
这些措施显示了查士丁尼二世在第二次在位时期对反对派的强硬态度和手段。通过政治、经济和军事手段，他试图巩固自己的权力并消除反对声音。
[1] 查士丁尼二世- 维基百科 [2] 东罗马帝国- 维基百科