佩勒卡农战役中拜占庭军队人数占优但最终溃败的原因可以从以下几个方面进行分析：
雇佣兵控制权的丧失：根据中国历史研究院的文章，拜占庭帝国在12世纪以后对雇佣兵的控制出现了重大转折，这导致了军队的不稳定和战斗力下降。晚期拜占庭帝国雇佣兵控制权的丧失及其影响
军队训练和纪律问题：在查士丁尼时代，拜占庭军队的训练有素优势只能在局部发挥，整体作战计划凌乱，军队各部易于陷入各自为战的困局。查士丁尼时代拜占庭帝国在波斯战争中的战略选择
军队质量下降和数量不足：10至13世纪拜占庭军队逐渐衰落的原因之一是军队质量的下降和数量不足，导致帝国继续战败，陷入恶性循环。10至13世纪拜占庭军队逐渐衰落的原因是什么？
战术和指挥失误：在锡尔米乌姆战役中，拜占庭军队的左翼在激战中出现溃逃迹象，这可能与战术和指挥失误有关。锡尔米乌姆战役：匈牙利溃败与拜占庭帝国的伟大胜利
内部矛盾和政治斗争：拜占庭帝国晚期，内部矛盾和政治斗争可能也影响了军队的战斗力和士气。
综上所述，拜占庭军队在佩勒卡农战役中人数占优但最终溃败的原因是多方面的，包括雇佣兵控制权的丧失、军队训练和纪律问题、军队质量下降和数量不足、战术和指挥失误，以及内部矛盾和政治斗争等。这些因素共同作用，导致了拜占庭军队的失败。