苏联在1941年和1946-1952年对立陶宛人进行大规模驱逐的原因主要有以下几点：
政治镇压和民族清洗：苏联在1940年将立陶宛、拉脱维亚和爱沙尼亚纳入其版图后，对这些地区的“不可靠”民族进行了大规模流放西伯利亚的政策。来源 1941年，苏联在波罗的海三国制造了第一波大规模驱逐当地民众的行动，很多人被流放到西伯利亚或被关入古拉格。来源
反抗苏联政权：立陶宛对苏维埃政权的反抗最为猛烈，因此当地社会遭受了很多迫害。从1941年到1953年，立陶宛前后经历了10次驱逐流放行动。来源
战后政策：战后，苏联当局杀死、囚禁、驱逐了数万名反抗者，对少数民族继续进行迫害和驱逐。来源
削弱民族主义和独立倾向：波罗的海国家率先宣布自己拥有国家主权，提出要退出苏联，因此中央在处理这些事件中采取了强硬措施。来源
这些大规模驱逐行动是苏联对波罗的海国家实行的政治镇压和民族清洗的一部分，旨在削弱这些地区的民族主义和独立倾向，加强对这些地区的控制。