1382年，明朝通过军事行动彻底结束了元朝在云南长达128年的统治。具体过程如下：
明军攻灭元朝残余势力：根据百度百科中的“明平云南之战”条目，明洪武十四年（1381年）九月至洪武十五年（1382年）闰二月，朱元璋为了实现国家统一，派遣军队攻灭元朝在云南的残余势力。明平云南之战_百度百科
梁王兵败自杀：在1382年，驻守云南的元朝梁王把匝剌瓦尔密兵败自杀，大理总管段世战败归降明军，这标志着元朝在云南的统治结束。忽必烈- 维基百科，自由的百科全书
明军平定云南全境：从1254年元世祖灭大理，到1382年明军击败元军夺取云南，元朝统治云南地区长达128年。五分钟读懂《北元》元廷北徙蒙古后形成的游牧政权 - 360Doc
沐英驻守云南：1383年，蒙古与梁王的所有残余势力全部被歼，沐英奉诏驻守云南，直到明朝结束，260多年里云南始终由沐氏子孙世代承袭统领镇守。文史漫步· 一代名将傅友德经略云贵 - 贵州省政协
综上所述，明朝通过军事手段平定云南，击败元朝残余势力，从而结束了元朝在云南的统治。