肯尼迪遇刺案的调查报告中存在一些未解之谜，根据搜索结果，以下是一些主要的未解之谜：
凶手身份和动机：官方调查报告认为凶手是李·哈维·奥斯瓦尔德，一个前海军陆战队员，他从教科书仓库大楼射击肯尼迪。然而，许多人质疑奥斯瓦尔德的动机和能力，认为他不可能是唯一的凶手。来源
枪击次数和角度：官方报告称奥斯瓦尔德开了三枪，但一些目击者和专家认为实际上有更多的枪击，且来自不同的角度。来源
证人证词和死亡：许多与案件相关的证人在案件发生后不久就神秘死亡，这增加了阴谋论的可能性。来源
CIA和FBI的角色：一些解密文件显示CIA和FBI可能对案件有所隐瞒，这引发了关于他们是否参与或掩盖真相的疑问。来源
未公开的文件：尽管许多文件已经解密，但仍有部分文件被扣留，这使得公众对案件的全貌仍有疑问。来源
阴谋论：包括苏联、古巴、黑帮甚至美国政府内部人士在内的各种阴谋论一直存在，这些理论认为肯尼迪的死是一个更大阴谋的一部分。来源
这些未解之谜使得肯尼迪遇刺案成为历史上最受争议和讨论的事件之一。尽管官方报告试图提供解释，但公众对于真相的追求仍在继续。