伊嗣俟二世驱逐军队中的基督徒并对其进行迫害的原因主要与他的宗教政策有关。根据搜索结果中的信息，伊嗣俟二世试图在亚美尼亚地区重新建立拜火教的地位，并迫使国内的非祆教徒改变信仰。[1] 他猜忌军队中的基督徒，因此将他们驱逐出军队及政府机关，并对他们进行迫害，犹太人也因此受到牵连。[2] 琐罗亚斯德教祭司们为了维护既得利益，迫使国王下令对其他宗教展开迫害，并武力逼迫亚美尼亚人放弃基督教。[3] 伊嗣俟二世的这些行为最终导致当地在瓦尔丹·马米科尼扬的领导下反抗，形成了亚美尼亚的民族抵抗运动。[4] 因此，伊嗣俟二世驱逐和迫害基督徒的行为是出于巩固拜火教地位和维护宗教统一的目的。