尼卡暴动中，蓝党和绿党之所以会联合起来反对查士丁尼，主要原因如下：
共同的政治利益：根据搜索结果中的第二条信息来源，查士丁尼一世的改革触犯了两党要员的利益，导致他们团结起来公然挑衅皇帝1。这表明，尽管蓝党和绿党在其他方面存在竞争和对立，但在面对查士丁尼的改革政策时，他们有共同的政治利益，即维护自身利益不受损害。
对查士丁尼政策的不满：第一条信息来源提到，蓝党认为查士丁尼一世登基是自己的功劳，因此蛮横骄纵，对居民实施恐怖手段，而对其政敌绿党成员迫害尤甚2。这表明，蓝党和绿党都对查士丁尼的政策感到不满，这种不满成为了他们联合起来反对查士丁尼的共同基础。
对查士丁尼的严厉惩罚的反抗：第四条信息来源提到，尼卡起义最初，两个派系联合起来反对查士丁尼皇帝由于对其成员的严厉惩罚3。这进一步证实了蓝党和绿党都受到了查士丁尼的严厉对待，这种对待成为了他们联合反抗的直接原因。
综上所述，尼卡暴动中蓝党和绿党联合起来反对查士丁尼的主要原因是他们有共同的政治利益，都对查士丁尼的政策感到不满，以及对查士丁尼的严厉惩罚的反抗。这些因素共同促使了两个原本对立的党派在特定历史时刻联合起来。