日本政府拒绝中国提出的共同开发钓鱼岛的提议，主要基于以下几点原因：
领土主权立场：日本政府认为钓鱼岛及其附属岛屿是日本的固有领土，基于无主地先占先得的原则将其划归冲绳县。因此，日本主张钓鱼岛群岛不属于清朝在《马关条约》中割让的领土[1]。
历史文献解释：日本认为中国的“明史”“清史稿”都没有关于钓鱼岛的记录，说明钓鱼诸岛是“无主之岛”，既不属于中国，也不属于琉球、日本[4]。
国际法和战后条约：日本政府根据《开罗宣言》和《波茨坦公告》等国际法律文件，认为钓鱼岛回归中国的说法不成立，日本在1895年利用甲午战争窃取钓鱼岛是非法无效的[10]。
实效统治：日本声称对钓鱼岛海域存在所谓的“实效统治”，尽管这一说法并不被国际社会普遍接受[3]。
政治和军事考量：日本政府可能出于对华政治和军事竞争的考量，加强军事力量，增加防卫费，以应对中国在该区域的影响力[3]。
国内政治压力：日本政府可能受到国内民族主义和右翼势力的压力，这些势力强烈反对在领土问题上对中国做出任何让步[7]。
综上所述，日本政府拒绝中国提出的共同开发钓鱼岛的提议，是基于其对钓鱼岛领土主权的坚持、对历史文献的解释、国际法和战后条约的理解、实效统治的主张、政治和军事考量以及国内政治压力等多方面因素。