应县木塔的火灾隐患主要是通过定期的防火安全检查发现的。根据搜索结果，应县木塔景区建立了一支专职消防队，定期组织开展防火巡查、员工岗位消防安全教育培训演练工作，以确保火灾隐患能够及时发现并消除。具体措施包括：
建立专职消防队：方国一结合木塔景区实际，建立了一支8人的专职消防队，负责日常的防火巡查和应急响应。
定期防火巡查：通过定期的防火巡查，及时发现火灾隐患，确保木塔的安全。
消防安全教育培训：组织员工进行消防安全教育培训，提高员工的消防安全意识和应急处理能力。
消防演练：通过定期的消防演练，提升专职消防队和员工的实战能力，确保在火灾发生时能够迅速有效地进行扑救。
持续监测：山西文物部门对应县木塔进行持续监测，近5年来，木塔变形数据没有加剧，并处于整体结构相对稳定和安全的状态。
通过这些措施，应县木塔的火灾隐患得到了有效的控制和预防，确保了这一珍贵文化遗产的安全。