拿破仑在1798年夺取马耳他岛的过程如下：
起航：1798年5月19日，拿破仑率领一支由350艘各类舰只组成的庞大舰队和3万余人的远征军从法国土伦港出发，目标是避开英国海军的封锁，前往埃及[1]。
占领马耳他：6月10日，拿破仑的舰队到达地中海上的马耳他岛。经过短暂的战斗，拿破仑迫使岛上的耶路撒冷圣约翰骑士团投降，并占领了马耳他岛[2]。岛上的骑士团教堂和修道院被法军洗劫一空，拿破仑建立了傀儡政权以统治该岛[3]。
停留与掠夺：拿破仑在马耳他停留数日，期间有骑士被杀死在街上。随后，拿破仑继续向埃及进发[4]。
后续行动：拿破仑的占领行动是其东征计划的一部分，目的是占领埃及，并从英国东方领地中驱逐英国人[5]。
通过上述步骤，拿破仑成功地在1798年夺取了马耳他岛，并继续其远征埃及的行动。这一行动是拿破仑试图扩大法国在亚洲的影响力，并制衡地中海上的英国势力的一部分[6]。
[1] 法国占领马耳他- 维基百科，自由的百科全书
[2] 马耳他骑士团和马耳他国的关系揭秘 - 世贸通
[3] 马耳他：袖珍“骑士团国” - 新浪财经
[4] 任见《铁血革命》35：波拿巴先占领马耳他，后占领埃及 - 网易
[5] 第6节为建立帝国赴埃及
[6] 拿破仑·波拿巴逝世二百周年纪念