台北市在都市更新过程中遇到的主要挑战和争议包括：
- 文林苑事件：这是台北市都市更新过程中的一个重大挑战，涉及到居民权益和政府政策的冲突。
- 司法院释字第709号解释：该解释对都市更新条例产生了影响，导致政策执行上的困难。
- 都市更新条例修法争议：修法过程中出现了不同利益团体间的争议，涉及到土地政策、赔偿政策等。
- 地质防灾需求：由于台湾地处环太平洋火山地震带，气候变迁导致地质灾害频繁，这增加了都市更新的复杂性。
- 工期延长争议：如台北大巨蛋项目因工期延长而产生争议，涉及到天候因素、土方运送条件变更等问题。
这些挑战和争议显示了台北市在都市更新过程中需要平衡不同利益团体的需求，并应对自然条件和政策变化带来的影响。引用来源包括台北市政府新闻稿、维基百科、政策研究报告等。