士燮被越南后世尊称为“南交学祖”的原因主要有以下几点：
传播儒家文化：士燮将儒家文化传入越南，对越南的文化发展产生了深远影响。关键评论网提到，士燮不仅传播儒家文化，还为越南人创作了“喃字”，这是一种结合汉字和越南语的书写系统。
兴办教育：士燮在任交趾太守期间，推广儒学，兴办教育，促进了当地文化的发展。历史人物中提到，士燮年轻时学习《左氏春秋》，后来举孝廉入仕为官，他的教育和文化推广活动对越南有着重要影响。
礼仪教化：士燮被视为越南国礼仪、诗书等教化的开端，网易网指出，越南史学界普遍认为越南国的礼仪、诗书等教化都从士燮开始。
文化开山鼻祖：士燮在越南享有极高声誉，被视为越南文化的开山鼻祖。今日头条中提到，士燮不仅受称“士王仙”被建庙奉祀，还被称为“南交学祖”。
政治稳定与文化发展：士燮统治40年间，依附东吴，推广儒学传播，兴办教育、移风易俗来促进交州的文化传播，开创了岭南文化史上的黄金时代。方格子中提到这一点。
综上所述，士燮因其在文化传播、教育推广以及对越南文化发展的贡献，被越南后世尊称为“南交学祖”。