土司制度在元朝开始设立，主要是为了加强对边疆地区的控制。元朝政府通过封授给西北、西南地区的少数民族部族头目以土司官职，实行“以夷制夷”的政策。具体来说，元朝后以宣慰使、宣抚使、安抚使、招讨使、千户、百户等官职封赠各族首领，土官的职类、承袭、贡赋和征发等形成了一定的制度。这种制度使得土司既是地方行政长官，又是军事首领，具有军政合一的特点。元朝通过委任国家官吏的办法，授予土司占有土地、山林等资源的合法性，土官在与其他势力的争斗中处于有利地位。朝廷掌握着收回其合法性的权力，土官为朝廷提供赋税和兵役。这种制度最早始于南宋，元代普遍实行，明代发展完备，清初继承，是当时封建王朝统治南方少数民族的主要制度。因此，土司制度的真正诞生是在元朝，它对南方民族地区的稳定与发展起过重要作用。