卡特里派的神学思想与天主教之间存在几个根本性的冲突：
二神论对一神论：卡特里派信仰二神论或自然神论原则，认为存在一善一恶两个神，这与天主教的一神论相对立，后者认为只有一位上帝创造了所有可见和不可见的事物[1]。
对物质世界的态度：卡特里派将物质世界视为邪恶的，而天主教则认为物质世界是上帝所创造，本质上是好的，尽管存在堕落和罪恶[1]。
圣职体制的拒绝：卡特里派拒绝接受天主教的圣职体制，并将其成员（包括教宗）视为不配、腐败的。他们反对天主教会中圣职人员的特殊性，主张不只圣职人员，任何人都能祝圣圣餐并聆听告解[2]。
救赎观念的差异：卡特里派认为人的灵魂被囚禁在物质身体中，需要通过净化来获得救赎，而天主教强调信仰、圣事和教会的中介作用在救赎过程中的重要性[1]。
这些冲突导致了卡特里派与天主教之间的激烈对抗，包括历史上的阿尔比十字军东征等事件。卡特里派的这些神学思想与天主教教义的冲突，最终导致了其被天主教会视为异端并遭到镇压[1][2]。