安德鲁·约翰逊总统在重建时期的政策引发争议的原因主要包括以下几点：
对南方州的宽容政策：约翰逊主张尽快让脱离联邦的南方州份回归，他支持的重建计划相对宽松，允许南方州快速重新加入联邦而不需要进行深刻的社会和政治改革[1]。
与国会的冲突：约翰逊的政策与共和党主导的国会严重冲突。国会中的共和党人主张对南方进行更严厉的惩罚，并推动给予黑人更多的权利和保护，而约翰逊则反对这些措施[1]。
放弃保护黑奴：约翰逊的政策中，他不惜放弃保护刚刚解放的黑奴，这与共和党激进派的主张相悖，激化了双方的矛盾[1]。
弹劾危机：由于与国会的严重冲突，1868年众议院决定弹劾总统，虽然最终参议院以一票之差未能将其定罪，但这一事件凸显了约翰逊政策的争议性[1]。
种族政策的争议：约翰逊反对给予黑人投票权，这与共和党中的激进派推动的民权议程相冲突，进一步加剧了政策争议[2]。
综上所述，安德鲁·约翰逊总统在重建时期的政策因其对南方州的宽容立场、与国会的严重冲突、放弃保护黑奴、弹劾危机以及种族政策的争议而引发广泛争议。这些争议不仅影响了当时的政治氛围，也对美国历史产生了深远的影响。
[1] 安德鲁·约翰逊- 维基百科，自由的百科全书 [2] 美国研究摇(双月刊) The Chinese Journal of American Studies