1949年中华民国政府多次迁都的原因主要有以下几点：
内战失利：根据维基百科的资料，1949年中华民国政府因国共内战失利，最终选择撤退至台湾，重新集结及巩固军队，准备反攻大陆以取回中国大陆的统治权[1]。
战略转移：中华民国政府在历史上曾多次迁都，如因一·二八事变，国民政府于1932年1月30日至1932年11月29日迁都洛阳。而在太平洋战争期间，国民政府迁都重庆，后因战争胜利，国际地位提高，成为联合国创始会员国暨安全理事会常任理事国[2]。
政治考量：中华民国政府在1949年1月21日蒋介石下野后，行政上已不具备迁都决策权，但最终仍决定迁往台湾[3]。
军事压力：由于中国共产党在解放战争中的连续胜利，中华民国政府在大陆的控制区域越来越小，最终不得不选择迁往台湾[4]。
国际因素：中华民国政府在撤退至台湾后，得到了一些国际支持，尤其是美国的支持，这使得其能够在台湾维持政权[5]。
综上所述，1949年中华民国政府多次迁都主要是由于内战失利、战略转移、政治考量、军事压力和国际因素等多重原因导致。这些因素共同作用，最终使得中华民国政府选择迁往台湾，并在那里维持政权至今。
[1] 中华民国政府迁台- 维基百科，自由的百科全书
[2] 中华民国大陆时期- 维基百科，自由的百科全书
[3] 政府机关迁台的问题 - 国史馆
[4] 师伟：中华民国首都史 - 昆仑策
[5] 王英津| 论1949 年以来的“ 中华民国”问题 - 中国人民大学国际关系学院