印巴分治后，印度共和国面临的主要问题包括：
克什米尔争端：印巴分治后，克什米尔地区的归属问题成为印度和巴基斯坦之间的主要领土冲突，导致两国多次爆发战争和冲突。克什米尔冲突。
大规模人口流离失所和暴力冲突：分治导致约1500万人流离失所，估计有100万人丧生。印巴分治：75年前英属印度为什么被分而治之？。
宗教和民族冲突：分治后，印度教徒和穆斯林之间的矛盾激化，导致教派冲突。是什么引发了印度连环爆炸。
国家建设和经济发展问题：印度共和国成立后，面临着国家建设和经济发展的挑战，尤其是在处理印巴分治所带来的后遗症。印度建国以来的发展历史二战结束后。
地区安全稳定问题：克什米尔问题不仅阻碍了印巴关系的正常发展，也对地区安全稳定构成威胁。基于亚洲新安全观的克什米尔问题解决方案。
这些问题构成了印度共和国在印巴分治后面临的主要挑战，至今仍对印度的内政和外交政策产生深远影响。