在标定工具坐标系时，如果当前工具号已经标定过，系统会处理新旧坐标系数据的方式通常是根据具体的操作平台和软件的设计来决定的。一般来说，会有以下几种处理方式：
覆盖旧数据：新标定的数据会直接覆盖系统中已存在的旧数据。这样，系统以后使用的新坐标系将完全依赖于最新标定的信息。
提示用户选择：系统可能会弹出一个提示窗口，询问用户是否确认要用新数据替换旧数据，或者提供选项让用户保存为不同的工具号或版本。
版本控制：一些高级系统可能会使用版本控制来保存不同时间、不同版本的标定数据。这样可以让用户查看和恢复以前的标定记录。
日志记录：系统会记录每次坐标系标定的变化，包括时间、操作人员和新旧数据的变化情况，以便后续追溯。
具体的处理方式需参考所使用的机器人或自动化系统的操作手册或软件文档。如果提供了明确的平台或软件名称，我可以进一步搜索具体系统的处理方式。