美拉尼西亚人和玻里尼西亚人在基因上存在一些差异。根据搜索结果，以下是一些关键点：

1. 祖先和迁徙：波利尼西亚人的直接祖先被认为是新石器时代的拉皮塔人，这一文化在美拉尼西亚群岛和密克罗尼西亚兴起，由南岛民族迁徙交汇而成[1]。美拉尼西亚人在基因上有一定比率的分歧，这是由于居民互相隔离数千年的结果[2]。

2. 基因混合：研究人员发现美洲原住民混合了一小部分来自现代东亚人和太平洋西南部美拉尼西亚人的基因，包括巴布亚人、所罗门群岛人以及东南亚狩猎者和采集者[3]。

3. 基因成分：有研究指出，“波利尼西亚人”和“美拉尼西亚人”的不同，只是亚洲血统和巴布亚血统的多少而已。如果你有26%的巴布亚血统，你就算一个波利尼西亚人[7]。

4. 遗传特征：美拉尼西亚地理人种外貌上近似澳大利亚人种，但铲形门齿出现率高，B型和S型血型出现率高。有6-磷酸葡萄糖脱氢酶缺乏症和地中海贫血基因[8]。

5. 基因研究：台湾原住民、美拉尼西亚人与玻里尼西亚人的粒线体DNA，有三种相同的基因[15]。

综上所述，美拉尼西亚人和玻里尼西亚人在基因上的差异主要体现在他们的祖先来源、基因混合程度以及特定的遗传特征上。这些差异是长期地理隔离和不同人群间迁徙、混合的结果。

[1] https://zh.wikipedia.org/zh-cn/%E6%B3%A2%E5%88%A9%E5%B0%BC%E8%A5%BF%E4%BA%9A%E4%BA%BA [2] https://zh.wikipedia.org/zh-cn/%E5%A4%A7%E6%B4%8B%E6%B4%B2%E5%8E%86%E5%8F%B2 [3] http://www.xinhuanet.com/world/2015-07/22/c_1116010475.htm [7] https://www.epochtimes.com/gb/17/7/24/n9459071.htm [8] http://www.xingshizhengce.com/ziliaoku/wh/201112/t20111219_430788_3.shtml [15] https://www.epochtimes.com/gb/5/7/5/n975456.htm