科学家通过研究转录因子和调控网络结构来理解多细胞生物的起源，主要通过以下几个方面：
基因调控网络的解析：科学家利用单细胞多组学数据推断基因调控网络，并执行转录因子扰动实验，模拟细胞身份的后续变化。这些研究有助于揭示细胞命运决定的基本原理，如北京大学定量生物学中心所述从基因调控逻辑解码细胞命运决定的基本原理。
转录因子的功能和作用机制：转录因子是基因调控网络中的核心，它们控制基因的活性，即打开或关闭基因的表达。通过研究转录因子，科学家可以了解它们如何影响细胞分化和发育，如生命科普中提到的。
多细胞生物的进化起源：通过比较不同时间点的基因调控网络，科学家探索了干细胞群之间联系的进化，以及它们在多细胞生物起源中的作用，如新研究：这些奇异的吸血鱼有着"令人瞠目结舌"的进化起源中所述。
细胞编程和重编程：科学家发现，体外培养的哺乳动物体细胞可以通过改变表观遗传的调控机制重新编程，变成具有分化潜能的干细胞，即诱导性多能干细胞（iPSCs），如国家自然科学基金委员会启动“细胞编程和重编程的表观遗传机制”重大研究计划中提到的。
基因表达调控的结构基础：通过利用生化和结构生物学重构生物大分子，科学家揭示了转录起始调控的机制，为理解基因表达调控奠定了结构基础，如Science丨徐彦辉团队揭示转录起始连续动态全过程中所述。
这些研究不仅增进了我们对多细胞生物起源的理解，也为干细胞研究和再生医学提供了重要的理论基础。