在17世纪末，越南阮主政权利用柬埔寨的内乱扩大领土主要通过以下几个方式：
直接控制湄公河下游地区：根据搜狐文章《原创此地曾是柬埔寨国土，如今却是越南地区，其阴谋让人不耻！》的描述，阮主政权在17世纪末期乘柬埔寨宫廷内部衰乱之机，直接控制了湄公河下游地区，并开始大量迁入湄公河三角洲，甚至鸠占鹊巢，将湄公河三角洲占为己有1。
移民和驻军：澎湃新闻的文章《从吴哥到金边，是柬埔寨回不到的过去》提到，自17世纪初协助柬埔寨抗击暹罗后，越南阮主不断向柬埔寨渗透，通过移民和驻军实控了物产丰饶的湄公河三角洲2。
扶持代理人：同样根据澎湃新闻的文章，阮主和暹罗还在柬埔寨扶持代理人，不断引发内乱，以扩大自己的势力范围2。
利用柬埔寨王位虚悬的机会：根据广东省社会科学院的文章《鄚氏河仙政权（“港口国”）与18世纪中南半岛局势》，在18世纪七八十年代，柬埔寨长期内乱，广南阮氏、暹罗都企图控制柬埔寨，利用柬埔寨王位虚悬的机会扩大势力3。
南进政策：Issuu上的文章《17 18 世纪华侨与越南阮氏政权》提到，阮氏政权秉承越南历史上一贯的南进政策，积极向南发展以求图更大的生存空间，逐渐侵吞柬埔寨领土4。
综上所述，17世纪末的阮主政权通过直接控制、移民驻军、扶持代理人、利用柬埔寨内乱和王位虚悬的机会以及实施南进政策等多种手段，成功扩大了其在柬埔寨的领土。