章太炎的《国故论衡》在中国思想史上具有独特贡献，主要体现在以下几个方面：
独到的孔子观：章太炎对孔子的思想进行了分解分析，提出了自己特有的孔子观。他指出孔子所想有一个“官”在，有一个“富贵利禄”在，这表明他并不完全尊孔，而是对孔学进行了批判性分析。来源
哲学识度：在《国故论衡》中的《明见》一篇，展现了章太炎深邃的哲学识度。同时，《原道》三篇最能道出道家的长处，并根据许多史实指出道家较儒家在中国政治史上有较大较好的贡献，这一点尤值得注意。来源
学术思想成就：章太炎的贡献主要在于对中国经学、史学、哲学研究的独到见解和精审探究。他的工作不仅观点不同于封建正统派和资产阶级学者写的中国哲学史，而且研究范围宽广，论述内容系统全面，引据资料翔实丰富，具有较高的学术价值。来源
思想的现代性转换：章太炎是中国史学现代性转换的重要推动者，他以中国历史为据，持旧而又出新，力主在反思和批判西方现代性的基础上，探索中国学术的现代转型。来源
多元而复杂的思想：章太炎的思想多元而复杂，特别是对现代性—“西方文明”的迎拒或选择，提供了一个聚焦点，有助于理解清末民初以来中国学术思想界对西方文明的态度。来源
综上所述，章太炎的《国故论衡》在中国思想史上的独特贡献在于其对传统思想的批判性分析、哲学深度的探讨、学术思想的系统性研究，以及对现代性转换的深刻洞察。