约翰·杜卡斯的后代在第四次十字军后建立伊庇鲁斯专制国的过程如下：
背景：约翰·杜卡斯是拜占庭帝国的贵族，他的后代以科穆宁·杜卡斯为姓。来源
关键人物：米海尔·科穆宁·杜卡斯是约翰·杜卡斯的后代之一，在1204年第四次十字军攻陷君士坦丁堡后的混乱局面中，他短暂投靠十字军首领，很快离开并来到伊庇鲁斯。来源
建立过程：米海尔·科穆宁·杜卡斯在1205年建立了伊庇鲁斯专制国，他是原拜占庭皇帝和阿列克修斯三世的表兄弟。来源
统治范围：伊庇鲁斯专制国以阿尔塔为中心，并将色萨利等地区纳入统治。来源
历史意义：伊庇鲁斯专制国是第四次十字军东征后从原拜占庭帝国分裂出的流亡政权之一。来源
综上所述，约翰·杜卡斯的后代，特别是米海尔·科穆宁·杜卡斯，在第四次十字军东征后利用拜占庭帝国的混乱局势，在伊庇鲁斯地区建立了伊庇鲁斯专制国，成为拜占庭帝国分裂后的重要流亡政权之一。