中国政府拒绝参与世卫组织的新冠溯源第二阶段调查，主要基于以下几点理由：
反对政治化：中国政府强调新冠病毒溯源是一个科学问题，反对将溯源工作政治化。中国认为世卫组织提出的第二阶段溯源工作计划受到了政治干扰，丧失了科学和合作的精神人民网。
尊重科学结论：中国政府指出，在世卫组织专家已于3月就病毒溯源作出科学结论的情况下，世卫组织再次将实验室泄漏作为研究重点，发起新一轮歧视性溯源计划，对此中国表示反对新华网。
缺乏合作精神：中国认为世卫组织秘书处在未同成员国协商的情况下，提出了所谓第二阶段溯源工作计划，抛弃中国—世卫组织溯源联合研究报告得出的权威的、科学的结论人民网。
透明度和信息共享：中国政府一直秉持公开、透明、负责任原则，第一时间对外介绍、对外分享病毒基因序列以及相关信息，并邀请世卫专家来华开展病毒溯源研究中国日报网。
综上所述，中国政府拒绝参与世卫组织新冠溯源第二阶段调查，是基于对科学溯源的坚持、对政治干预的反对以及对现有科学结论的尊重。中国政府主张在第一阶段病毒溯源的基础上，科学、公正地开展第二阶段病毒溯源工作。