威廉二世与勃艮第公爵菲利普二世的女儿玛格丽特的婚姻对他的统治产生了重要影响。根据搜索结果中的信息，我们可以得出以下几点：
政治联盟：威廉二世与玛格丽特的婚姻加强了巴伐利亚与勃艮第之间的政治联盟。这种联姻在当时的欧洲政治中是一种常见的加强国家间关系的手段。通过这样的婚姻，威廉二世能够获得勃艮第公国的支持，这对于他的统治是有利的。来源
经济利益：菲利普二世通过与玛格丽特三世的婚姻，将佛兰德伯国和勃艮第伯国并入了勃艮第公国，这使得勃艮第成为当时欧洲最富庶的地区之一。威廉二世与玛格丽特的婚姻可能也意味着巴伐利亚能够从这种经济联合中获得利益。来源
军事支持：勃艮第公国在当时是一个强大的封建领地，拥有强大的军事力量。威廉二世与玛格丽特的婚姻可能为巴伐利亚带来了军事上的支持，这对于维护和扩展威廉二世的统治是有益的。
文化和外交影响：这样的婚姻也可能促进了巴伐利亚和勃艮第之间的文化交流，同时在外交上为威廉二世打开了新的渠道，增强了他在欧洲的外交地位。
综上所述，威廉二世与玛格丽特的婚姻对他的统治产生了积极的影响，不仅在政治上加强了联盟，还在经济、军事和外交上为他带来了利益。