普拉格少校在纳粹统治下拯救了上千名犹太人，但仍然被指控为纳粹合作者的原因可能与他早期的行为和身份有关。根据搜索结果中的信息，普拉格少校在二战爆发后，作为纳粹军官，目睹了党卫军屠杀平民和犹太人的野蛮行径后，内心受到触动，转变成一名“辛德勒”式的人物，救助了许多犹太人[1]。然而，由于他很早就加入了纳粹党并领导了一座集中营，在那里有许多犹太人被屠杀，作为战后清算纳粹的一部分，他于1947年受到了审判[2]。因此，尽管他后来的行为表明他试图拯救生命，但他早期的纳粹党成员身份和集中营领导的角色，以及在集中营中发生的屠杀，可能是他被指控为纳粹合作者的原因。战后的审判和清算过程中，他的历史行为和与纳粹的联系成为了指控的依据，即便他后来有所改变并拯救了生命。