圣米迦勒金顶修道院在重建过程中面临的挑战主要包括：
历史遗留问题：修道院在1240年蒙古人入侵时被严重损毁，大教堂被毁坏，镀金穹顶被移走，导致修道院陷于荒废，两个半世纪中没有文献记载圣米迦勒金顶修道院_百度百科。
建筑风格的转变：18世纪重建时，建筑外观改为乌克兰巴洛克风格，而内部保持了原来的拜占庭建筑风格，这可能涉及到建筑风格融合的挑战圣米迦勒金顶修道院- 维基百科。
政治因素：1930年代被苏联政府拆除，直到乌克兰独立后才得以重建，这表明政治环境对修道院的重建有着重要影响圣米迦勒金顶修道院- 维基百科。
战争破坏：经历了战争的破坏，圣米迦勒金顶修道院旁的环境被战争改变，死亡与重生、摧毁与重建荒诞残忍地彼此竞赛向日葵在弹孔中绽放 走进战争下不正常的乌克兰“日常” - 禁闻网。
这些挑战不仅涉及建筑和文化层面，还包括政治和战争的影响，使得圣米迦勒金顶修道院的重建过程复杂且充满挑战。