硝石战争期间，智利和秘鲁的选举制度存在显著差异。根据搜索结果中的信息：
智利的选举制度：智利自18世纪30年代以来，长期在选举和司法制度等方面保持了连续性。智利的领导人是民选的，这表明智利拥有较为稳定的民主选举制度。来源
秘鲁的选举制度：在秘鲁，情况则大为不同。据资料显示，在硝石战争时期，秘鲁的选举制度并不普及，只有少数人拥有投票权。具体来说，“在秘鲁，五十人中只有一人能够投票”，这揭示了当时秘鲁的选举制度具有明显的限制性，并非普及于广大民众。来源
综上所述，硝石战争期间智利的选举制度相对更加民主和普及，而秘鲁的选举制度则较为限制性，只有少数人拥有投票权。这种差异反映了两国在政治制度和社会结构上的不同。