在清朝时期，中国东部和南部的穆斯林没有参与叛乱的原因可以从几个方面来理解。根据维基百科上的《中国伊斯兰教史》条目，中国东部和南部各省的穆斯林并没有叛乱，也丝毫没有受到叛乱的影响。他们没有遭到过屠杀，也不想反抗。这表明这些地区的穆斯林社区相对稳定，没有面临导致叛乱的直接压迫或冲突。
此外，清朝政府对不同宗教的宽容政策，以及事实上的宗教联盟，也在一定程度上稳定了统治，减少了叛乱的可能性。从雍正朝开始，虽然“清朝宗教联盟带”逐步瓦解，但在早期，这种政策可能有助于维持不同宗教群体之间的和平共处。
因此，可以得出结论，清朝时期中国东部和南部的穆斯林没有参与叛乱，主要是因为这些地区的穆斯林社区相对稳定，没有面临导致叛乱的直接压迫或冲突，同时清朝政府的宗教宽容政策也在一定程度上维持了不同宗教群体之间的和平共处。这些因素共同作用，使得这些地区的穆斯林没有参与到叛乱中。