条顿骑士团选择在马尔堡建立他们的总部有几个原因：
战略位置：马尔堡位于维斯瓦河下游，这个位置对于控制周边地区和保护条顿骑士团的领土至关重要。它靠近普鲁士的心脏地带，便于管理和扩张。
政治和军事考量：1309年，条顿骑士团大团长康拉德·冯·弗里希万格将总部从威尼斯迁移到了马尔堡。这一迁移反映了骑士团的战略转变，从圣地的十字军东征转向普鲁士十字军东征以及在波罗的海建立修道院国家。这一决定使他们能够集中精力镇压普鲁士大起义（1260-1274）等起义。
宗教和文化影响：马尔堡城堡不仅是军事要塞，也是宗教和文化中心。条顿骑士团在此地的驻扎有助于传播天主教和加强德意志文化在该地区的影响。
经济利益：马尔堡地区的经济价值也是一个重要因素。控制这一地区有助于条顿骑士团获取资源和财富，以支持其军事和宗教活动。
防御需要：马尔堡城堡的坚固结构使其成为理想的防御地点，这对于条顿骑士团在动荡时期保持安全和权力至关重要。
综上所述，条顿骑士团选择马尔堡作为总部是基于其战略位置、政治军事考量、宗教文化影响、经济利益以及防御需要的综合考量。马尔堡城堡至今仍然是普鲁士历史和民族意识的象征，见证了条顿骑士团的兴衰。