邹伊和塞奥多拉在共治期间出现不和并导致政府两极分化的原因主要在于她们对权力的不同理解和处理方式。根据维基百科的资料，邹伊在共治期间立刻认为自己是皇权的象征，并试图迫使塞奥多拉退位，返回她本就不该离开的修道院。然而，元老院和人民坚持要求两姐妹应该共治。这表明邹伊试图单独掌握权力，而忽视了共治的实质和人民的意愿，导致了姐妹间的矛盾和政府内部的两极分化。塞奥多拉的第一个行动是处理米哈伊尔五世的流放问题，这进一步显示了她在共治期间的积极作用和对权力的不同看法。因此，姐妹间对权力的不同理解和处理方式是导致不和和政府两极分化的主要原因。
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