毛泽东在全国农民协会中担任重要职务的原因主要有以下几点：
政治动员能力：毛泽东在大革命时期通过多种方式对农民进行了有效的政治动员，调动了农民参加革命的积极性，使中国革命得到了广大农民的踊跃支持。来源
农民运动的领导：毛泽东是中国共产党内最早认定农民是中国革命主力军者之一，他强调乡村社会调查的重要性，并在农民运动讲习所中开设了有关调查研究的课程。来源
理论贡献：毛泽东发表的《中国社会各阶级的分析》、《湖南农民运动考察报告》等著作，指出农民在中国革命中的重要作用，为农民运动提供了理论基础。来源
农民问题的核心地位：毛泽东认为农民问题是中国革命的核心问题，他强调农民的力量是中国革命的主力军。来源
国共合作期间的角色：在国共合作期间，毛泽东利用在国民党中央宣传部的职务作了大量的反帝反军阀的宣传工作，促进了工农运动的发展。来源
综上所述，毛泽东之所以在全国农民协会中担任重要职务，是因为他在政治动员、农民运动领导、理论贡献、强调农民问题的核心地位以及国共合作期间的关键角色等方面的卓越表现和重要贡献。