中华民国在1912年成立后面临的主要挑战包括：
内部权力斗争：中华民国成立后，第一任正式大总统袁世凯与孙文领导的国民党之间的权力斗争并未结束，存在所谓的“二次革命”[1]。
国共关系紧张：1927年国共分裂后，两党进行了武装对抗，西安事变后国民党被迫与共产党联合抗日，为日后内战埋下隐忧[2]。
民族危亡的艰难探索：从鸦片战争到五四运动近80年中，中国逐步成为半殖民地半封建社会，国家蒙辱、人民蒙难、文明蒙尘，中华民族遭受了前所未有的劫难[3]。
政治转型挑战：晚清面临国权丧失、中央控制力减弱、自足经济体制摧毁等问题，主权在民、自由平等、民主宪政等观念动摇了传统政治结构的根基[4]。
中央与地方关系处理：袁世凯建立独裁统治分几个阶段，包括军事上占领中国的广大地区，削弱了中央政府的财政、军事和人事权力[5]。
反对帝国主义侵略的斗争：民国期间，侵略中国的外国势力主要来自北方的沙皇俄国和它的继承者苏联，中国各族人民反对帝国主义侵略的斗争[6]。
财政窘迫与社会动荡：民国初年，蒙藏独立、财政窘迫、社会动荡、行政混乱等严重的内忧外患，一直困扰着新生的民国临时政府[7]。
边疆分离主义的挑战：各省独立继而联合的革命建国路径，进一步削弱了中央政府的权力，同时还要面对来势汹汹的边疆分离主义[8]。
以上挑战体现了中华民国成立初期所面临的复杂局势和内外压力。
[1] 二次革命- 维基百科，自由的百科全书
[2] 国共关系- 维基百科，自由的百科全书
[3] 近代不同政治力量拯救民族危亡的艰难探索 - 中央党史和文献研究院
[4] 吕芳上：政治转型的挑战——近代中国“党国”体制的发展与省思 - 爱思想
[5] 民国初年袁世凯对中央与地方关系的处理
[6] [PDF] 民国时期的社会转型、政权建设与族群关系
[7] 为什么1913年是民初政治转型的关键时刻 - 澎湃新闻
[8] 国体、精英吸纳与荣典制度——以民国袁世凯时代为例 - 法信