阿卡德古城作为阿卡德帝国的首都，其遗址至今未被发现的原因可能包括以下几点：
遗址位置未知：根据维基百科的资料，阿卡德帝国覆灭后，该城受到攻击并被摧毁，其遗址迄今无发现。该城市位置未知，不过有很多候选地，西方学者根据已经发现的楔形文字资料记载推断位于底格里斯河东岸巴格达和萨马拉之间[1]。
考古工作难度大：由于阿卡德古城遗址至今未被发现，对其历史主要依靠相对比较丰富的铭文来弥补。同时代的埃卜拉遗址在1964年开始被意大利考古学家所发现，提供丰富的侧面资料[2]。这表明考古工作可能面临很大的挑战，需要更多的时间和资源来发掘。
历史文献有限：我们对阿卡德人的历史几乎一无所知，阿卡德王朝的都城所在至今仍难以确定[3]。这可能是因为历史文献的缺失或损毁，导致缺乏直接证据来确定古城的具体位置。
环境变化和自然因素：古城遗址可能因为数千年的沉积、洪水等自然因素而难以发现。例如，两河流域的传说中提到，经过数千年的沉积，终于，当一般的洪水已不能将它淹没时，它就变成适合农耕的沃野[4]。这可能意味着古城遗址被深埋地下，难以被发现。
综上所述，阿卡德古城遗址至今未被发现可能是由于遗址位置未知、考古工作难度大、历史文献有限以及环境变化和自然因素等多方面原因造成的。随着考古技术的进步和更多的研究，未来可能会有新的发现来揭开这一历史之谜。
[1] 阿卡德(城市) - 维基百科，自由的百科全书 [2] 阿卡德帝国- 维基百科，自由的百科全书 [3] 历史印记｜王献华：阿卡德与古代两河流域的“文明理由” [4] 两河流域的传说：古代美索不达米亚历史与神系轻松入门