在《名侦探皮卡丘》中，并没有特定的公司在实验室中做实验并最终逃脱的情节。游戏主要讲述了主角蒂姆和他的宝可梦皮卡丘一起寻找蒂姆失踪的父亲的故事。他们通过与宝可梦沟通的特殊能力，揭开了各种谜团。游戏的重要剧情包括：
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