伊斯兰教在马来西亚的兴起和深远影响主要经历了以下几个阶段：
传入与早期影响：伊斯兰教最早在10世纪传至马来西亚，但直到14世纪和15世纪，三佛齐覆灭后不久，伊斯兰教才在马来半岛奠定根基[7]。早期的传播主要通过穆斯林商人，而非军事征服[2]。
马六甲苏丹国的兴盛：15世纪初，马六甲苏丹国的建立标志着伊斯兰教在东南亚地区进入兴盛期，马来半岛取代苏门答腊成为伊斯兰教传播的新中心[3]。马六甲苏丹国的伊斯兰化运动是从上而下的，即苏丹王室及马来贵族基于政治和贸易利益接受伊斯兰教[8]。
文化融合与影响：伊斯兰文化对马来人产生了深远影响，但同时它也受到马来民族的影响。伊斯兰教经由印度传到马来群岛，受苏非主义的神秘传统所影响，并吸收某些马来人的原始泛灵论和印度教传统[6]。
政治与社会影响：伊斯兰教政治势力能够在马来西亚崛起，一方面是受全球伊斯兰教原教旨主义的复兴和崛起的影响。马来西亚虽身处伊斯兰世界的边缘地区，但向来都会受到中东地区伊斯兰教思潮的影响，如瓦哈比运动、苏菲主义和伊斯兰现代主义等[4]。
现代影响：马来西亚伊斯兰教以逊尼派为正宗，什叶派为非法教派。伊斯兰教作为一种文化形式，长期存在并进一步影响马来西亚的政治和社会生活[11]。
综上所述，伊斯兰教在马来西亚的兴起和影响是一个复杂的历史过程，涉及贸易、政治、文化等多个方面，对马来西亚的历史和现代生活产生了深远的影响。