现代葡萄牙语在音系上与古葡萄牙语的主要差异体现在以下几个方面：
辅音变化：古葡萄牙语中的一些辅音在现代葡萄牙语中发生了变化。例如，古葡萄牙语中的浊塞音和塞擦音在现代葡萄牙语中大多清化，即浊音变成了清音。
元音变化：现代葡萄牙语的元音系统与古葡萄牙语相比也发生了变化。古葡萄牙语经历了元音裂化和元音变化，导致现代葡萄牙语中元音的发音与古葡萄牙语有所不同。
音节结构：现代葡萄牙语是重音等时语言，而古葡萄牙语则更接近音节等时语言。这意味着现代葡萄牙语中音节的时长更加均匀，而古葡萄牙语中音节时长可能因重音而有所变化。
语音同化和异化现象：现代葡萄牙语中存在一些语音同化和异化现象，这些现象在古葡萄牙语中可能并不明显或不存在。
外来影响：现代葡萄牙语受到其他语言的影响，如阿拉伯语的影响，这在音系上也有所体现，例如某些阿拉伯语词汇的发音特点被融入葡萄牙语中。
这些变化是葡萄牙语自然演化的结果，并受到多种语言接触和社会文化因素的影响。通过了解这些音系上的差异，我们可以更好地理解葡萄牙语的历史发展和语言特性。