众议院遇刺案特别委员会之所以认为肯尼迪遇刺案可能还有第二名枪手，主要是基于以下几个原因：

1. 证据和目击者证言：根据解密的文件和调查结果，存在多个目击者声称听到了来自不同方向的枪声，这暗示了可能有不止一个射击点。例如，一些目击者和专家认为，除了李·哈维·奥斯瓦尔德外，可能还有另一名枪手参与了刺杀行动[1]。

2. 声学分析：特别委员会曾委托进行一项声学分析，该分析认为根据现场录音带捕捉到的枪声，至少有四发子弹被发射，而奥斯瓦尔德仅被认为发射了三发子弹。这进一步支持了存在第二名枪手的可能性[2]。

3. 子弹路径和伤害分析：遇刺现场的证据和受害者的伤害情况也引发了对单一枪手理论的质疑。一些子弹的路径和造成的伤害与奥斯瓦尔德所处位置和使用的武器不符，这增加了第二名枪手存在的合理性[3]。

4. 阴谋论和历史背景：肯尼迪遇刺案发生在冷战期间，涉及复杂的政治和国际关系。一些理论认为，刺杀可能是更广泛的阴谋的一部分，涉及多个组织或国家，这可能需要多名枪手的协作[4]。

5. 官方调查的局限性：沃伦委员会的官方调查结果受到了广泛的质疑和批评，许多人认为调查未能充分解释所有证据和疑点，这为第二名枪手的存在提供了讨论空间[5]。

综上所述，众议院遇刺案特别委员会认为肯尼迪遇刺案可能还有第二名枪手，是基于现场证据、目击者证言、声学分析以及历史背景等多方面因素的综合考量。这些因素共同指向了一个可能性：肯尼迪遇刺案的复杂性可能超出了单一枪手的行动范围。

参考资料： [1] 中国新闻网 [2] 纽约时报中文网 [3] 凤凰网 [4] 观察者网 [5] 维基百科