周瑜在赤壁之战中对抗曹操水军采取了以下策略：
联合刘备军队：孙权派遣鲁肃探听刘备是否会联盟抗曹，最终刘备派遣诸葛亮出使江东协议结盟，孙权派遣周瑜、程普率军与刘备组成联军[1]。
利用火攻：周瑜采纳了黄盖的火攻方案，在长江赤壁利用黄盖诈降火攻，大破曹操水军[1]。
反间计：周瑜利用曹操派来的说客蒋干，传递子虚乌有的蔡瑁张允投降信，导致曹操误杀熟悉水战的水军统领蔡瑁和张允[3]。
心理战：周瑜利用曹操狂妄自大的轻敌情绪，采用火攻的作战方案，同时让庞统假意投靠曹操，建议曹操将战船用铁索连环，以减少北方士兵不习惯水战的问题，这为火攻创造了条件[4]。
选择有利地形：周瑜根据兵法要求，选择有退路的阵地迎战超过自己兵力一倍以上的来敌，利用赤壁的地形优势[10]。
这些策略的运用，最终使得孙刘联军在赤壁之战中以少胜多，大败曹操的水军。