君士坦丁·科穆宁·杜卡斯与纳夫帕克托斯主教约翰·阿波考科斯之间的冲突对他的统治产生了显著影响。根据搜索结果，君士坦丁·科穆宁·杜卡斯是拜占庭帝国的一位重要统治者，他出身于显赫的科穆宁、杜卡斯、安格洛斯三个皇朝的血统[1]。在他的统治期间，与纳夫帕克托斯主教约翰·阿波考科斯的冲突可能反映了当时教会与国家之间的权力斗争，这种斗争在拜占庭帝国历史上屡见不鲜。
这场冲突可能削弱了君士坦丁的权威，尤其是在教会和贵族中的影响力，因为主教在当时社会中拥有较高的地位和影响力。如果主教公开反对君士坦丁，可能会导致民众和贵族的支持减少，从而影响他的统治稳定性[2]。此外，这种冲突可能还影响了拜占庭帝国内部的政治氛围，增加了内部的紧张和冲突，从而分散了对抗外部威胁（如突厥人的入侵）的注意力和资源[3]。
总的来说，君士坦丁·科穆宁·杜卡斯与纳夫帕克托斯主教约翰·阿波考科斯之间的冲突可能对他的统治产生了负面影响，削弱了他的权威，并可能影响了拜占庭帝国的政治稳定和对外防御。这场冲突是拜占庭帝国历史上教会与国家权力斗争的一个例证，这种斗争对帝国的长期发展和稳定有着深远的影响。