腓力六世与英王爱德华三世的关系恶化并引发百年战争的原因主要有以下几点：
王位继承问题：根据搜索结果中的维基百科，法国国王查理四世逝世后，血缘关系最近的男性继承人是他的外甥英王爱德华三世。然而，法国贵族更偏好查理的堂亲腓力继承王位，这导致了百年战争的爆发。
领土争端：新浪军事提到，腓力六世对爱德华三世的嚣张气焰十分气愤，并在1337年5月24日宣布收回英属领地基恩，英国自然无法接受，这直接导致了战争的爆发。
经济利益：北京市国防动员办公室指出，除了王位继承原因外，战争还为了争夺在法境内的富庶地区。
封建权利争端：世界历史百科全书提到，英王爱德华三世和腓力六世将加斯科尼地区的封建权利争端升级为法国王室争夺战。
这些因素共同作用，导致了腓力六世与英王爱德华三世之间的关系恶化，并最终引发了百年战争。