简化字在简化过程中不应同音代替的原因主要包括以下几点：
保持汉字的表意功能：汉字是一种表意文字，其结构中往往包含声音和意义。如果过度使用同音字代替，可能会破坏汉字的表意功能，导致无法正确理解字义。例如，根据维基百科的解释，“字体结构中往往包含声音和意义，简化字则破坏了汉字的结构，无法读音和解意。”汉字简化争论- 维基百科。
避免混淆和误解：同音字的过度使用可能会导致混淆和误解，尤其是在没有上下文的情况下。如搜索结果中提到的，“同音代替减少了字数，但有时造成表意模糊”2、简化字有什么优劣？- 白雲深處人家海外站。
维护汉字的历史文化传承：汉字不仅是沟通工具，也是中华文化的重要组成部分。过度简化可能会割裂文化传承，导致后代无法理解古代文献。如“历经两次简化的汉字，为何在第二次叫停了？”中提到，“这种简化实际上是对汉字进行了大的破坏”历经两次简化的汉字，为何在第二次叫停了？- 网易。
确保书写和理解的便利性：简化字的初衷是为了方便书写和提高识字率，但如果简化过度，可能会导致理解上的困难，反而违背了简化的初衷。如“汉字各项规范标准及相关知识”中提到的，“要求简化以便于书写，便于计算机输入”汉字各项规范标准及相关知识2018-04-20 - 青岛黄海学院。
综上所述，简化字在简化过程中不应过度使用同音代替，以保持汉字的表意功能、避免混淆和误解、维护汉字的历史文化传承，并确保书写和理解的便利性。