皇极天皇在日本历史上的重要贡献主要包括：
政治改革：皇极天皇在位期间（642年-645年和647年-654年），最大的贡献是从权倾朝野达百年之久的苏我氏家族手中重新夺回权力。这一举措有助于恢复天皇的权威，并为后来的政治改革铺平了道路[4]。
文化发展：皇极天皇的统治时期被认为是日本历史上重要的文化、社会和政治交流发展时期。飞鸟时代同时也是日本历史上重要的文化、社会和政治交流发展时期，其起点为古坟时代结束，终点为奈良时代开始[5]。
佛教推广：皇极天皇在位期间，佛教在日本得到了进一步的推广和发展。自从佛教传入日本以来，围绕接受佛教的争议持续不断。最终发生了暗杀天皇的大化改新，皇极天皇为了报答弟弟铲除权臣家族苏我氏，在不久之后就把皇位让给他，49岁的孝德天皇因此成为菊花王朝第36代天皇，并对功臣中臣镰足赐姓“藤原”[7]。
对外关系：皇极天皇作为东亚历史上首位女皇和卓越的领导者，她运筹帷幄，善用能臣，成功地向外国宣扬了日本的形象[6]。
综上所述，皇极天皇在日本历史上的贡献主要体现在政治改革、文化发展、佛教推广和对外关系等方面。她的统治对日本的政治结构和文化发展产生了深远的影响。