在巴菲乌斯之战中，拜占庭军队未能有效抵抗奥斯曼人的进攻的原因主要有以下几点：
战力悬殊：根据维基百科的描述，奥斯曼骑兵在战役中向拜占庭人发起了凌厉的攻势，而拜占庭军队中的阿兰人部队却按兵不动，未投入战场。这导致两军战力悬殊，奥斯曼人成功冲破拜占庭军队的阵线[1]。
军队调动问题：拜占庭帝国在继续攻伐拉丁帝国之际，需要调遣军队至不同战线，这可能削弱了他们在巴菲乌斯之战中的防御能力[2]。
内部矛盾和政治纷争：拜占庭帝国宫廷内的权力纷争可能影响了军队的统一指挥和战斗效率，未能有效支援战场[6]。
奥斯曼的军事优势：奥斯曼帝国凭借强大的军事力量和高效的管理机构迅速扩张，对拜占庭帝国构成了严重威胁[12]。
拜占庭的衰落：拜占庭帝国在那个时期已经处于衰落状态，无法与新兴的奥斯曼帝国相抗衡[13]。
综上所述，拜占庭军队在巴菲乌斯之战中未能有效抵抗奥斯曼人的进攻，主要是由于战力悬殊、军队调动问题、内部矛盾和政治纷争、奥斯曼的军事优势以及拜占庭自身的衰落所致。
[1] 巴菲乌斯之战- 维基百科